Here is a list of all functions, variables, defines, enums, and typedefs with links to the files they belong to:

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• BEND_SIZE : secstr.c
• BIOMOLECULE : pdb.h
• BIOMT : pdb.h
• blAddCBtoAllGly() : GlyCB.c , pdb.h
• blAddCBtoGly() : GlyCB.c , pdb.h
• blAddConect() : BuildConect.c , pdb.h
• blAddNTerHs() : AddNTerHs.c , pdb.h
• blAddOneDirectionConect() : BuildConect.c , pdb.h
• blAffinealign() : align.c , seq.h
• blAffinealignuc() : align.c , seq.h
• blAlign() : align.c , seq.h
• blAllocPDBStructure() : pdb.h , StructurePDB.c
• blAMCBText() : plotting.c , plotting.h
• blAMCTText() : plotting.c , plotting.h
• blAMDraw() : plotting.c , plotting.h
• blAMEndLine() : plotting.c , plotting.h
• blAMEndPlot() : plotting.c , plotting.h
• blAMInitPlot() : plotting.c , plotting.h
• blAMLCText() : plotting.c , plotting.h
• blAMMove() : plotting.c , plotting.h
• blAMRText() : plotting.c , plotting.h
• blAMSetFont() : plotting.c , plotting.h
• blAMSetLineStyle() : plotting.c , plotting.h
• blAMSetPen() : plotting.c , plotting.h
• blAMText() : plotting.c , plotting.h
• blAngle() : angle.c , angle.h
• BLANK : safemem.c
• blAppendPDB() : AppendPDB.c , pdb.h
• blApplyMatrixPDB() : ApMatPDB.c , pdb.h
• blAreResiduePointersBonded() : BuildConect.c , pdb.h
• blAreResiduesBonded() : BuildConect.c , pdb.h
• blArray2D() : array.h , array2.c
• blArray3D() : array.h , array3.c
• blATOMINFO : pdb.h
• blAtomNameMatch() : AtomNameMatch.c , pdb.h
• blAtomNameRawMatch() : AtomNameMatch.c , pdb.h
• blBuildAAList() : aalist.c , aalist.h
• blBuildAtomNeighbourPDBListAsCopy() : BuildAtomNeighbourPDBList.c , pdb.h
• blBuildConectData() : BuildConect.c , pdb.h
• blBuildFlagSeqFromAAList() : aalist.c , aalist.h
• blBuildResSpec() : ParseRes.c , pdb.h
• blBuildSeqFromAAList() : aalist.c , aalist.h
• blCalcAccess() : access.c , access.h
• blCalcCellTrans() : CalcCellTrans.c , pdb.h
• blCalcChi() : CalcChiPDB.c , pdb.h
• blCalcCterCoords() : CalcCterCoords.c , pdb.h
• blCalcExtSD() : CalcExtSD.c , MathUtil.h
• blCalcMDMScore() : align.c , seq.h
• blCalcMDMScoreUC() : align.c , seq.h
• blCalcResAccess() : access.c , access.h
• blCalcRMSPDB() : CalcRMSPDB.c , pdb.h
• blCalcSD() : CalcSD.c , MathUtil.h
• blCalcSecStrucPDB() : secstr.c , secstr.h
• blCalcTetraHCoords() : CalcTetraHCoords.c , pdb.h
• blCalculateBestFitLine() : regression.c , regression.h
• blCalculateCovarianceMatrix() : regression.c , regression.h
• blCheckExtn() : CheckExtn.c , general.h
• blCheckFileFormatPDBML() : pdb.h , ReadPDB.c
• blCheckProgName() : filename.c , general.h
• blChindex() : chindex.c , general.h
• blCloseOrPipe() : general.h , openorpipe.c
• blCollapseSpaces() : general.h , stringutil.c
• blCopyConects() : BuildConect.c , pdb.h
• blCopyPDB() : CopyPDB.c , pdb.h
• blCopyPDBCoords() : CopyPDBCoords.c , pdb.h
• blCountchar() : countchar.c , general.h
• blCreateRotMat() : CreateRotMat.c , matrix.h
• blCrossProd3() : CrossProd3.c , MathUtil.h
• blDeleteAConect() : BuildConect.c
• blDeleteAConectByNum() : BuildConect.c , pdb.h
• blDeleteAtomConects() : BuildConect.c , pdb.h
• blDeleteAtomPDB() : KillPDB.c , pdb.h
• blDeleteAtomRangePDB() : KillPDB.c , pdb.h
• blDeleteConect() : pdb.h
• blDeleteHashKey() : hash.c , hash.h
• blDeleteResiduePDB() : KillPDB.c , pdb.h
• blDistPtLine() : DistPtLine.c , MathUtil.h
• blDNAtoAA() : DNAtoAA.c , seq.h
• blDoHelp() : help.c , help.h
• blDoParseResSpec() : ParseRes.c , pdb.h
• blDoPDB2Seq() : PDB2Seq.c , seq.h
• blDoPDB2SeqByChain() : PDB2Seq.c , seq.h
• blDoReadPDB() : pdb.h , ReadPDB.c
• blDoReadPDBML() : pdb.h , ReadPDB.c
• blDumpHash() : hash.c , hash.h
• blDupePDB() : DupePDB.c , pdb.h
• blDupeResiduePDB() : DupeResiduePDB.c , pdb.h
• blEigen() : eigen.c , eigen.h
• blEndRepSChain() : pdb.h , rsc.c
• blExtractNotZonePDBAsCopy() : ExtractZonePDB.c , pdb.h
• blExtractNotZoneSpecPDBAsCopy() : ExtractZonePDB.c , pdb.h
• blExtractZonePDBAsCopy() : ExtractZonePDB.c , pdb.h
• blExtractZoneSpecPDBAsCopy() : ExtractZonePDB.c , pdb.h
• blFactdiv() : factdiv.c , MathUtil.h
• blFactorial() : factorial.c , MathUtil.h
• blFgetsany() : fgetsany.c , general.h
• blFindAAListItemByResnum() : aalist.c , aalist.h
• blFindAAListOffsetByResnum() : aalist.c , aalist.h
• blFindAtomInRes() : FindAtomInRes.c , pdb.h
• blFindAtomWildcardInRes() : FindAtomWildcardInRes.c , pdb.h
• blFindCentroid() : regression.c , regression.h
• blFindEndPDB() : pdb.h
• blFindHetatmResidue() : FindHetatmResidue.c , pdb.h
• blFindHetatmResidueSpec() : FindHetatmResidueSpec.c , pdb.h
• blFindMolID() : pdb.h , PDBHeaderInfo.c
• blFindNextChain() : pdb.h , StructurePDB.c
• blFindNextChainPDB() : FindNextChainPDB.c , pdb.h
• blFindNextPrime() : MathUtil.h , prime.c
• blFindNextResidue() : FindNextResidue.c , pdb.h
• blFindOriginalResType() : pdb.h , PDBHeaderInfo.c
• blFindRawAtomInRes() : FindRawAtomInRes.c
• blFindResidue() : FindResidue.c , pdb.h
• blFindResidueSpec() : FindResidueSpec.c , pdb.h
• blFindZonePDB() : FindZonePDB.c , pdb.h
• blFitCaCbPDB() : FitCaCbPDB.c , pdb.h
• blFitCaPDB() : FitCaPDB.c , pdb.h
• blFitNCaCPDB() : FitNCaCPDB.c , pdb.h
• blFitPDB() : FitPDB.c , pdb.h
• blFixAtomName() : pdb.h , ReadPDB.c
• blFixCterPDB() : FixCterPDB.c , pdb.h
• blFixOrderPDB() : OrderPDB.c , pdb.h
• blFNam2PDB() : FNam2PDB.c , pdb.h
• blFormatCheckWritePDB() : pdb.h , WritePDB.c
• blFreeArray2D() : array.h , array2.c
• blFreeArray3D() : array.h , array3.c
• blFreeBiomolecule() : pdb.h , PDBHeaderInfo.c
• blFreeHash() : hash.c , hash.h
• blFreeHashKeyList() : hash.c , hash.h
• blFreePDBStructure() : pdb.h , StructurePDB.c
• blFreeStringList() : FreeStringList.c , general.h
• blFreeWholePDB() : pdb.h , ReadPDB.c
• blFtostr() : ftostr.c , general.h
• blGetAAListLen() : aalist.c , aalist.h
• blGetAtomTypes() : OrderPDB.c , pdb.h
• blGetBiomoleculeWholePDB() : pdb.h , PDBHeaderInfo.c
• blGetCofGPDB() : GetCGPDB.c , pdb.h
• blGetCofGPDBRange() : GetCofGPDBRange.c , pdb.h
• blGetCofGPDBSCRange() : GetCofGPDBSCRange.c , pdb.h
• blGetCompoundWholePDBChain() : pdb.h , PDBHeaderInfo.c
• blGetCompoundWholePDBMolID() : pdb.h , PDBHeaderInfo.c
• blGetCrystPDB() : GetCrystPDB.c , pdb.h
• blGetCrystWholePDB() : GetCrystPDB.c , pdb.h
• blGetExptlOld() : pdb.h , ResolPDB.c
• blGetExptlPDB() : pdb.h , ResolPDB.c
• blGetExptlWholePDB() : pdb.h , ResolPDB.c
• blGetfield() : general.h , getfield.c
• blGetFilestem() : general.h , GetFilestem.c
• blGetHashKeyList() : hash.c , hash.h
• blGetHashValue() : hash.c , hash.h
• blGetHashValueChar() : hash.c , hash.h
• blGetHashValueDouble() : hash.c , hash.h
• blGetHashValueInt() : hash.c , hash.h
• blGetHashValuePointer() : hash.c , hash.h
• blGetHashValueString() : hash.c , hash.h
• blGetHeaderWholePDB() : pdb.h , PDBHeaderInfo.c
• blGetKybdString() : WindIO.c , WindIO.h
• blGetModresWholePDB() : pdb.h , PDBHeaderInfo.c
• blGetParam() : parse.c , parse.h
• blGetPDBByN() : GetPDBByN.c , pdb.h
• blGetPDBChainAsCopy() : GetPDBChainAsCopy.c , pdb.h
• blGetPDBChainLabels() : GetPDBChainLabels.c , pdb.h
• blGetPDBCoor() : GetPDBCoor.c , pdb.h
• blGetResolPDB() : pdb.h , ResolPDB.c
• blGetResolWholePDB() : pdb.h , ResolPDB.c
• blGetSeqresAsStringWholePDB() : pdb.h , PDBHeaderInfo.c
• blGetSeqresByChainWholePDB() : pdb.h , PDBHeaderInfo.c
• blGetSpeciesWholePDBChain() : pdb.h , PDBHeaderInfo.c
• blGetSpeciesWholePDBMolID() : pdb.h , PDBHeaderInfo.c
• blGetString() : parse.c , parse.h
• blGetTitleWholePDB() : pdb.h , PDBHeaderInfo.c
• blGetWord() : general.h , GetWord.c
• blGetWordNC() : general.h , GetWord.c
• blHAddPDB() : HAddPDB.c , pdb.h
• blHashKeyDefined() : hash.c , hash.h
• blHelp() : help.c , help.h
• blHPGLCBText() : hpgl.c , hpgl.h
• blHPGLCTText() : hpgl.c , hpgl.h
• blHPGLDraw() : hpgl.c , hpgl.h
• blHPGLEnd() : hpgl.c , hpgl.h
• blHPGLFont() : hpgl.c , hpgl.h
• blHPGLInit() : hpgl.c , hpgl.h
• blHPGLLCText() : hpgl.c , hpgl.h
• blHPGLLText() : hpgl.c , hpgl.h
• blHPGLMove() : hpgl.c , hpgl.h
• blHPGLPen() : hpgl.c , hpgl.h
• blHPGLROffText() : hpgl.c , hpgl.h
• blHPGLSetDash() : hpgl.c , hpgl.h
• blHPGLShowText() : hpgl.c , hpgl.h
• blHPGLVText() : hpgl.c , hpgl.h
• blIndexAtomNumbersPDB() : IndexPDB.c , pdb.h
• blIndexPDB() : IndexPDB.c , pdb.h
• blIndexReal() : general.h , IndxReal.c
• blInitializeHash() : hash.c , hash.h
• blInPDBZone() : InPDBZone.c , pdb.h
• blInPDBZoneSpec() : InPDBZoneSpec.c , pdb.h
• blInsertNextResidueInAAList() : aalist.c , aalist.h
• blInsertNextResiduesInAAList() : aalist.c , aalist.h
• blInsertResidueInAAListAt() : aalist.c , aalist.h
• blInsertResiduesInAAListAt() : aalist.c , aalist.h
• blInStringList() : InStringList.c , general.h
• blInvert33() : invert33.c , matrix.h
• blIsBonded() : pdb.h , BuildConect.c
• blIsConected() : BuildConect.c , pdb.h
• blIsHBonded() : hbond.h , hbond.c
• blIsMCAcceptorHBonded() : hbond.c , hbond.h
• blIsMCDonorHBonded() : hbond.c , hbond.h
• blIsPrime() : MathUtil.h , prime.c
• blKillLeadSpaces() : KillLeadSpaces.c , general.h
• blKillLine() : general.h , KillLine.c
• blKillPDB() : pdb.h , KillPDB.c
• blKillSidechain() : KillSidechain.c , pdb.h
• blKnownSeqLen() : seq.h , KnownSeqLen.c
• blLegalAtomSpec() : LegalAtomSpec.c , pdb.h
• blListAllHBonds() : hbond.c , hbond.h
• blMatch() : parse.c , parse.h
• blMatfit() : fit.h , fit.c
• blMatMult33_33() : MatMult33_33.c , matrix.h
• blMatMult3_33() : matrix.h , MatMult3_33.c
• blMAXCHAINLABEL : pdb.h
• blMAXPIRLABEL : seq.h
• blMovePDB() : pdb.h , MovePDB.c
• blMparse() : parse.c , parse.h
• blNComb() : MathUtil.h , NComb.c
• blNormaliseCSSR() : cssr.h , ReadCSSR.c
• blNormalisePDB() : ReadCSSR.c , cssr.h
• blNPerm() : MathUtil.h , NPerm.c
• blNumericAffineAlign() : seq.h , NumericAlign.c
• blNumericCalcMDMScore() : NumericAlign.c , seq.h
• blNumericReadMDM() : seq.h , NumericAlign.c
• blOnethr() : seq.h , throne.c
• blOpenBufferedFile() : BuffInp.c , BuffInp.h
• blOpenFile() : general.h , OpenFile.c
• blOpenOrPipe() : openorpipe.c , general.h
• blOpenPGPFile() : HAddPDB.c , pdb.h
• blOpenStdFiles() : OpenStdFiles.c , general.h
• blOriginPDB() : OriginPDB.c , pdb.h
• blOrtho() : ReadCSSR.c , cssr.h
• blPadchar() : general.h , padchar.c
• blPadterm() : general.h , padterm.c
• blPagingOff() : WindIO.c , WindIO.h
• blPagingOn() : WindIO.h , WindIO.c
• blParse() : parse.c , parse.h
• blParseResSpec() : pdb.h , ParseRes.c
• blPDB2Seq : seq.h
• blPDB2SeqByChain : seq.h
• blPDB2SeqNoX : seq.h
• blPDB2SeqNoXByChain : seq.h
• blPDB2SeqX : seq.h
• blPDB2SeqXByChain : seq.h
• blPDB2SeqXNoX : seq.h
• blPDB2SeqXNoXByChain : seq.h
• blPDBProt2Seq : seq.h
• blPDBProt2SeqByChain : seq.h
• blPDBProt2SeqNoX : seq.h
• blPDBProt2SeqNoXByChain : seq.h
• blPDBProt2SeqX : seq.h
• blPDBProt2SeqXByChain : seq.h
• blPDBProt2SeqXNoX : seq.h
• blPDBProt2SeqXNoXByChain : seq.h
• blPearson() : MathUtil.h , pearson.c
• blPearson1() : pearson1.c , MathUtil.h
• blPhi() : angle.h , phi.c
• blPointLineDistance() : MathUtil.h , pldist.c
• blPrintResSpecHelp() : ParseRes.c , pdb.h
• blProbeBufferedFile() : BuffInp.h , BuffInp.c
• blPrompt() : WindIO.c , WindIO.h
• blPS2HPGLFont() : plotting.h , plotting.c
• blPSCBText() : ps.c , ps.h
• blPSClearDash() : ps.h , ps.c
• blPSCorrectCase() : ps.c , ps.h
• blPSCTText() : ps.c , ps.h
• blPSDraw() : ps.c , ps.h
• blPSEnd() : ps.c , ps.h
• blPSFont() : ps.c , ps.h
• blPSInit() : ps.h , ps.c
• blPSLCText() : ps.c , ps.h
• blPSLText() : ps.h , ps.c
• blPSMove() : ps.c , ps.h
• blPSROffText() : ps.h , ps.c
• blPSSetDash() : ps.c , ps.h
• blPSShowText() : ps.h , ps.c
• blPSStroke() : ps.c , ps.h
• blPSThick() : ps.c , ps.h
• blPSVText() : ps.c , ps.h
• blQueryStrStr() : QueryStrStr.c , general.h
• blReadBufferedFile() : BuffInp.c , BuffInp.h
• blReadCSSR() : cssr.h , ReadCSSR.c
• blReadCSSRasPDB() : cssr.h , ReadCSSR.c
• blReadDisulphidesPDB() : RdSSPDB.c , pdb.h
• blReadDisulphidesWholePDB() : pdb.h , RdSSPDB.c
• blReadMDM() : align.c , seq.h
• blReadPDB() : pdb.h , ReadPDB.c
• blReadPDBAll() : ReadPDB.c , pdb.h
• blReadPDBAtoms() : pdb.h , ReadPDB.c
• blReadPDBAtomsOccRank() : ReadPDB.c , pdb.h
• blReadPDBOccRank() : pdb.h , ReadPDB.c
• blReadPGP() : pdb.h , HAddPDB.c
• blReadPIR() : ReadPIR.c , seq.h
• blReadRawPIR() : ReadRawPIR.c , seq.h
• blReadSecPDB() : pdb.h , RdSecPDB.c
• blReadSecWholePDB() : RdSecPDB.c , pdb.h
• blReadSeqresPDB() : pdb.h , RdSeqPDB.c
• blReadSeqresWholePDB() : pdb.h , RdSeqPDB.c
• blReadSimplePIR() : ReadSimplePIR.c , seq.h
• blReadWholePDB() : ReadPDB.c , pdb.h
• blReadWholePDBAtoms() : pdb.h , ReadPDB.c
• blRemoveAlternates() : pdb.h , ReadPDB.c
• blRenumAtomsPDB() : pdb.h , RenumAtomsPDB.c
• blRepOneSChain() : pdb.h , rsc.c
• blRepOneSChainForce() : pdb.h , rsc.c
• blReportStructureType() : ResolPDB.c , pdb.h
• blRePrompt() : WindIO.c , WindIO.h
• blRepSChain() : pdb.h , rsc.c
• blRightJustify() : general.h , justify.c
• blRotatePDB() : pdb.h , RotPDB.c
• blSafefree() : safemem.c , safemem.h
• blSafeleaks() : safemem.h , safemem.c
• blSafemalloc() : safemem.c , safemem.h
• blScreen() : WindIO.c , WindIO.h
• blSelectAtomsPDBAsCopy() : pdb.h , SelAtPDB.c
• blSelectCaPDB() : SelectCaPDB.c , pdb.h
• blSetAAListFlagByResnum() : aalist.c , aalist.h
• blSetAtomRadii() : access.h , access.c
• blSetChi() : pdb.h , SetChi.c
• blSetElementSymbolFromAtomName() : WritePDB.c , pdb.h
• blSetExtn() : general.h , SetExtn.c
• blSetHashValue() : hash.c , hash.h
• blSetHashValueChar() : hash.c , hash.h
• blSetHashValueDouble() : hash.c , hash.h
• blSetHashValueInt() : hash.c , hash.h
• blSetHashValuePointer() : hash.h , hash.c
• blSetHashValueString() : hash.c , hash.h
• blSetMaxProteinHBondDADistance() : hbond.h , hbond.c
• blSetMDMScoreWeight() : align.c , seq.h
• blSetPDBAtomTypes() : atomtype.c , pdb.h
• blSetResnam() : pdb.h , SetResnam.c
• blShowErrors() : ErrStack.h , ErrStack.c
• blShuffleBB() : pdb.h , OrderPDB.c
• blShuffleResPDB() : OrderPDB.c , pdb.h
• blSimpleangle() : simpleangle.c , angle.h
• blSimplifyText() : plotting.c , plotting.h
• blSplitSeq() : SplitSeq.c , seq.h
• blSplitStringOnChars() : GetWord.c , general.h
• blSplitStringOnCommas() : general.h , GetWord.c
• blStoreError() : ErrStack.c , ErrStack.h
• blStoreString() : general.h , StoreString.c
• blStrcatalloc() : strcatalloc.c , general.h
• blStrdup() : stringutil.c , hash.h
• blStringToLower() : general.h , StringToLower.c
• blStringToUpper() : general.h , StringToUpper.c
• blStripGlyCB() : GlyCB.c , pdb.h
• blStripHPDBAsCopy() : pdb.h , StripHPDB.c
• blStripWatersPDBAsCopy() : StripWatersPDB.c , pdb.h
• blStrncat() : stringcat.c , general.h
• blTermPDB() : TermPDB.c , pdb.h
• blThrone() : throne.c , seq.h
• blThronex() : seq.h , throne.c
• blTorToCoor() : angle.h , TorCoor.c
• blTranslatePDB() : pdb.h , TranslatePDB.c
• blTrueAngle() : TrueAngle.c , angle.h
• blTrueSeqLen() : TrueSeqLen.c , seq.h
• blUpstrcmp() : upstrcmp.c , general.h
• blUpstrncmp() : general.h , upstrncmp.c
• blValidHBond() : hbond.c , hbond.h
• blVecAdd3() : MathUtil.h , VecAdd3.c
• blVecDist() : VecDist.c , matrix.h
• blVecLen3() : MathUtil.h , VecLen3.c
• blVecSub3() : MathUtil.h , VecSub3.c
• blWindowInteractive() : WindIO.h , WindIO.c
• blWindowMode() : WindIO.h , WindIO.c
• blWord() : general.h , Word.c
• blWordN() : WordN.c , general.h
• blWrapPrint() : wrapprint.c , general.h
• blWrapString() : general.h , wrapprint.c
• blWriteCrystPDB() : pdb.h , WriteCrystPDB.c
• blWriteCSSR() : WrtCSSR.c , cssr.h
• blWriteGromosPDB() : pdb.h , WritePDB.c
• blWriteGromosPDBRecord() : pdb.h , WritePDB.c
• blWriteOneStringPIR() : WritePIR.c , seq.h
• blWritePDB() : WritePDB.c , pdb.h
• blWritePDBAsPDBML() : WritePDB.c , pdb.h
• blWritePDBAsPDBorGromos() : WritePDB.c , pdb.h
• blWritePDBRecord() : pdb.h , WritePDB.c
• blWritePDBRecordAtnam() : WritePDB.c , pdb.h
• blWriteTerCard() : WritePDB.c , pdb.h
• blWriteWholePDB() : pdb.h , WritePDB.c
• blWriteWholePDBHeader() : WritePDB.c , pdb.h
• blWriteWholePDBHeaderNoRes() : pdb.h , WritePDB.c
• blWriteWholePDBNoConect() : pdb.h
• blWriteWholePDBTrailer() : pdb.h , WritePDB.c
• blYorN() : WindIO.c , WindIO.h
• blZeroMDM() : seq.h , align.c
• BONDLEN : GlyCB.c
• BOOL : SysDefs.h
• BPTR : SysDefs.h
• BRIDGE_SEP : secstr.c
• BUFFLEN : help.c
• BULGE_SIZE_L : secstr.c
• BULGE_SIZE_S : secstr.c